루팅을 해서 발생하는 문제라기 보단, 펌웨어 업그레이드 과정 자체의 버그 비슷한 현상으로 보여집니다. 대대적으로 메이저 업데이트가 진행되면, 항상 Kies와 기기 연결에서 막히시는 분들[결국 다른 PC에서 하면 잘되더군요...]과 moot님처럼 업데이트는 진행되는데, 이후 폰에서 이상증상이 발생하는 경우가 있습니다. 원인분석을 하려면 시간이 많이 들 뿐더러, 원인을 알았다 한들 삼성에 피드백 주는 정도밖에 되질 않습니다. 삼성이 제공하는 업데이트 방식을 재시도하면서 다시는 그런 현상이 나타나지 않기를 바래야 할뿐입니다... 사실 펌웨어 업데이트는, 요근래에는 여러 안전장치가 존재하지만, 기기를 죽이고 살릴수 있는 좀 위험한 작업입니다. 과정을 최대한 쉽게, 그리고 안전하게 짜놓기는 했어도, 수만가지 앱들중에서 어떤 앱이 이번 시스템 업데이트와 어느상황에서 충돌할지는 예측불가이니까요. 처리해야할 변수가 꽤나 많다는 것이죠.[그 변수를 최소화시키고, 최대한 안전하게 업데이트 가능하도록 하는 것도 어느정도 제조사의 책임이 있긴합니다만...] 그래서 메이저 펌웨어 업데이트는 꼭 A/S센터에서 받는 분들이 계시기도 합니다. 

'뮤직 플레이어'라는 시스템기본앱이 날아간것이 조금 의아하긴 합니다만, 제 경우에도 ICS 잔버그 수정 마이너 업데이트에서 구글캘린더싱크가 날아가서 '도대체 왜 갑자기 구글 일정 싱크가 내 폰에서만 안되지? 아이패드2는 잘되는데?'하며 몇시간 동안 해맨적이 있습니다. 여러가지 추측끝에 구글캘린더싱크APK가 사라졌다는 것을 알아내어, 순정펌웨어에서 추출하여 수동으로 넣음으로서 해결한적이 있긴합니다. 수동으로 넣으려면 루팅이 되어있어야 하지요...

말이 길었습니다만, 제가 추천하는 방법은 백업->공장초기화->다운그레이드->재 업데이트 과정입니다. 어디서 오류가 터진것인지 잡을수가 없으니까요...

능력이 되신다면, 순정펌웨어에서 '뮤직 플레이어'앱만 뽑아내시어 루팅후 밀어 넣으시는 것도 하나의 방법이겠습니다.

써놓고 보니, 두 과정 모두, 루팅이 필요하긴 하군요...

루팅하지 않고 가장 안전한 방법은, 여건이 되신다면, 삼성 AS센터에 문의 혹은 방문하셔서 처리해달라고 하시면 될것 같습니다.

[데이터 백업을 위한 저장매체를 따로 지참하셔야 합니다]

Ps.

정초부터... 액땜하시는군요... ~.~;